L'iPod gère les formats numériques suivants : MP3, MP3 VBR, AAC, Audible, AIFF, WAV, Apple Lossless.
Le format Ogg Vorbis n'est pas disponible à moins d'installer un autre système sur l'iPod, GNU/Linux par exemple.
Il est conçu pour fonctionner de concert avec le logiciel iTunes sous Windows et Mac OS X. Sous GNOME, il est utilisable avec gtkpod ou Banshee et sous KDE avec Amarok. Son système d'exploitation, Pixo (édité par Sun) est un modèle du genre, à la fois en légèreté et en ergonomie. Il tire pleinement parti de la molette placée sur l'iPod. Sur l'iPod 5G (aussi appelé « iPod video »), l'écran à cristaux liquides fait 2½ pouces. Il est plus petit sur les autres versions d'iPod.
L'iPod est aussi très utilisé dans sa fonction de disque dur externe. Lancé avec une capacité de 5 Go, le modèle de cinquième génération peut désormais contenir jusqu'à 80 Go.
L'iPod est très lié à iTunes qui permet la gestion des contenus de l'iPod : la musique (si les paroles des morceaux et les pochettes de CD sont stockées dans iTunes, elles sont également synchronisées), les vidéos, les podcasts (Audio/Vidéo) les photos, les livres audio, mais aussi les contacts et agendas, peuvent tous être stockés et lus sur l'iPod. Il contient également quelques jeux sommaires, une horloge sur plusieurs fuseaux horaires. Sur les derniers modèles (Nano et 5G), l'achat de la télécommande Apple iPod Radio Remote permet à l'iPod de disposer d'un tuner permettant l'écoute de la radio FM.
L'iPod est compatible Mac et PC via une liaison Firewire (qui n'existe plus sur les derniers modèles) ou USB 2.